特藏建设部围绕海洋特色文献资源为中心，现有藏书近20万册。其中：海洋文献室（浙江舟山群岛新区资料研究中心），收藏涉海类人文社科文献及舟山新区地方文献资料，设有海上丝绸之路（一带一路）、涉海类统计年鉴、全国沿海地方文献、海洋科普、浙江非物质文化遗产等专架。古籍文献室，收藏一九一一年前的拓本、刻本、抄本、石印本等各类典籍和部分民国文献，包括四库全书、民国丛书、丛书集成、全宋文、全元文、明实录、清史稿，并藏有涉海类古文献，主要有中国海疆旧方志、中国地方志集成（沿海部分）、海疆文献初编、中国古代海岛文献地图史料汇编、海疆史志、闽南涉台族谱汇编、台湾文献史料丛刊、琉球王国汉文献集成等。参考书阅览室，收藏人文社科、理工农各学科的学术研究、教学参考文献，设有“涉海类自然科学文献”、“浙江学者文库”、“海图”专架。“海大文库”收藏并展示本校机构和教师（含离退休）及校友的文献资料。

特藏建设部自建数据库两个：《嵊泗鱼俗文化特色数据库》《硕士学位论文库》。其中《嵊泗鱼俗文化特色数据库》以浙江省舟山群岛新区嵊泗县海洋文化为基础，收录嵊泗县的渔业生产、渔俗信仰、渔俗生活、渔俗文化、渔俗研究等信息资源，集电子图书、期刊报纸、网络资源、学位论文、馆藏资源为一体，提供全文、视频、音频、图片等检索方式。《硕士学位论文库》收录浙江海洋大学2010年以来硕士学位论文，可通过题名、作者、关键词等检索方式，获取导师、专业、文摘等基本信息，并提供论文全文。特藏建设部持续开展特色馆藏线上线下推荐，“特藏文献与文化”品牌入选校园文化品牌。